Bag museets oprettelse står Foreningen Herman Stilling Museet, med Herman Stillings enke Birgitte Stilling som formand. Foreningen blev stiftet i 1997 og arbejdede i de følgende år på at finde de rette lokaliteter og skabe et økonomisk fundament.

Et hjørne i folkeparken
Herman Stilling Museet blev i 2003 indrettet i de gamle stalde ved Assistens Kirkegaard. Staldene ligger i et hjørne af kirkegården tæt på Hellig Kors Kirke. Staldene blev brugt af kirkegården fra begyndelsen af 1800-tallet. Området er i disse år ved at blive omdannet til folkepark. Halvandet fag af staldbygningen blev i 2003 nænsomt restaureret, og det lyse interiør giver nu perfekte rammer for Herman Stillings trolderier – malerier, grafik og collager.

Restaureringen af bygningen og indretningen af museet er sket med donationer fra en række fonde, primært Realdania Fonden.